Primer punto: ¿es posible que a pesar de usar la frase TODAS LAS  COSAS, existan excepciones? ABSOLUTAMENTE SÍ. Les pondré dos ejemplos:
1) el  lugar donde habita el Padre en el cielo, el Santísimo. Las Escrituras  muestran que Jehová tiene un tabernáculo en el cielo que no fué  construido por manos y que no pertenece a esta creación (Heb.9:11,24;  Rev.3:12) Es imposible que este lugar de habitación del Padre haya sido  creado "por medio de" Jesucristo, porque este lugar no es algo que haya  sido formado "para él" y tampoco "se sostiene" o "subsiste por él", y  está de más dar razones (Heb.8:1,2). 
2) Por otro lado, ¿fué formado el  espíritu santo con la intervención de Jesucristo? ABSOLUTAMENTE NO, pues  es una fuerza que pertenece a Jehová mismo, y que Él administra  directamente, dándosela incluso a Jesús mismo.
Segundo punto:  Cuando hablamos de "la creación" estamos hablando absolutamente de todo,  incluídas como vimos antes, ciertas cosas en cuya formación Jesús no  participó. ¿Porqué es que entonces dice TODAS LAS COSAS? Pues el asunto  está al parecer en el pensamiento griego de la época. En las Escrituras  se usa la misma palabra TODO en numerosas ocasiones en las que también  se admiten excepciones. Aquí les pongo unos ejemplos:
1) Marc.9:23  Jesús dice "todas las cosas son posibles al que cree" y luego en el  11:24 "todo cuanto pidan ... crean y lo tendrán". Es obvio que existen  algunas condiciones que están implícitas para que ambas cosas sucedan,  aún si Jesús usó la expresión TODO (G3956);
2) En Marc.13:23 dice  "todas las cosas les he dicho de antemano", pero en Juan 16:4,12 dice  que hay cosas que no les dijo, y que el espíritu se las diría en el  futuro;
3) Pablo usó la misma expresión cuando dijo "en todo a todos complazco" (1Cor.10:33) y "el amor todo lo cree" (1Cor.13:7);
4) En  1Cor.6:12 y 10:23 Pablo dice que "no todas las cosas edifican", pero en  2Cor.12:19 dice que "todas las cosas son para edificación";
5) En  Col.1:18, Heb.2:8 y otros textos se dice que TODAS LAS COSAS fueron  sometidas bajo los pies de Jesús, pero en 1Cor.15:27,28 se excluye al  Padre a pesar de haberse usado la expresión TODAS LAS COSAS y en Heb.2:8  se dice que para ese tiempo no todo estaba sometido bajo los pies de  Jesús (aparte del Padre);
6) En Fil.3:7,8 Pablo dice que TODAS LAS  COSAS son pérdida por Cristo y que él se había deshecho de todo, pero en  el 4:18 dice que a causa de un donativo tenía abundancia y suficiencia  de "todas las cosas", y en 1Tim.6:17 aconseja a los ricos que cifren su  confianza en Dios que nos ofrece TODAS LAS COSAS abundantemente y para  disfrute;
7) Como último ejemplo en Col.1:20 se dice que Jesús  reconciliaría TODAS LAS COSAS con Dios mediante su sangre, lo cual no  incluye lo que no necesita reconciliación con Dios, a pesar de que dice  TODAS LAS COSAS.
Hay en las Escrituras muchos otros ejemplos, pero  sirvan estos para que se den cuenta que la expresión TODAS (LAS COSAS), a  veces en el pensamiento griego de la época bíblica, no es rigurosamente  absoluto, y que admite excepciones, por lo cual la conclusión a la que  hice referencia al principio, es totalmente incorrecta y solo demuestra  desconocimiento de las Escrituras. No es que las Escrituras contengan  contradicciones, sino que algunas personas que no tienen conocimiento  verdadero entran en confusión producto de las premisas que ya tienen  desde antes en sus mentes.