El Credo Niceno-Costantinopolitano del año 381 afirmaba la fe cristiana en "un solo Señor Jesucristo, Hijo unigénito de Dios, engendrado por el Padre antes que todos los mundos", que "bajó del cielo y se encarnó por el Espíritu Santo y de la Virgen María, y se hizo hombre". Desde entonces, la expresión "Madre de Dios" se refería a la doctrina diofisita de la unión hipostática, sobre la unicidad con la doble naturaleza de Jesucristo Dios, que es a la vez humana y divina (naturaleza diferenciada, pero no separable ni mezclada). Desde entonces, Jesús fue afirmado como verdadero Hombre y verdadero Dios desde toda la eternidad.
Teológicamente, los términos "Madre de Dios", "Madre de Dios Encarnado" (y sus variantes) no deben ser tomados para implicar que María es la fuente de la naturaleza divina de Jesús, que existió con el Padre desde toda la eternidad. Dentro de la tradición ortodoxa y católica, la Madre de Dios no ha sido entendida, ni se ha pretendido entender, como refiriéndose a María como Madre de Dios desde la eternidad, es decir, como Madre de Dios Padre - sino sólo con referencia al nacimiento de Jesús, es decir, a la Encarnación.
Esto es creído por el cristianismo histórico y quien quiera que no mantenga la plena divinidad de Cristo durante su Encarnación es no un cismático pero un hereje, negando el dogma católico de la Santísima Trinidad.