Lo siento al demorar en responder sobre lo que has planteado, pero los deberes llaman y necesitaba estudiar un poco lo que has señalado:
1. La palabra "Refaím" que mencionas efectivamente como en general siempre la he manejado tiene que ver con su raíz, la cual hace alusión al acto de curar/sanar/medicina y sus correspondientes derivaciones. Sin embargo recuerdo que existe un significado adicional como "algo etéreo" generalmente se traduce esta palabra como "Sombras" en un sentido poético o alegórico.
En relación a lo anterior, revisé los pasajes que citaste y efectivamente la traducción correcta sería "Sombras" en un sentido alegórico y poético:
Job 26:4 El libro es netamente poético y alegórico, y se traduce como sombras.
Tehilím 88:11 (No 88:10) Nuevamente se traduce como sombras en un lenguaje alegórico.
Proverbios 2:18 y 9:18 Nuevamente se traduce como sombras en un lenguaje alegórico.
Isaías 14:9 Nuevamente hay un lenguaje alegórico apropiado para lo que intenta expresar sobre Nabujadnetzar y propio de la jerga "profética". Se traduce como sombras.
Isaías 26:14 y 26:19 Nuevamente se traduce como sombras en las mismas condiciones anteriores.
Ahora, el único pasaje donde se podría traducir de forma algo diferente sin cambiar el sentido alegórico es en Proverbios 21:16 donde la traducción más cercana es de "fantasmas" o "espectros". Sin embargo, nuevamente desde un lenguaje netamente alegórico.
Respecto a la relación que algunas corrientes místicas dentro del judaísmo hacen sobre los Refaím, los Anakím y los Nefilím es algo que generalmente tiende a entorpecer a nivel global la interpretación del texto y genera problemas conceptuales en el judaísmo a lo cual desde épocas anteriores a la Mishná había mucho recelo pues daban cabida a expresiones religiosas contrapuestas con la práctica religiosa sacerdotal.
2. El folklore judío es importante conocerlo si se pretende tener un entendimiento respetable de temas como el expuesto anteriormente. Además una de las aproximaciones bastante acertadas de un libro netamente alegórico como el Génesis, se da al reconocer los distintos aspectos culturales que han perneado al judaísmo en el tiempo.
3. El Deuteronomio es un libro posterior y buscaba dar unas puntadas finales (Para la época") a la tradición oral de la ley mosáica (Aquí admito que estoy siendo muy reduccionista, pero no considero que sea el momento de ahondar en esto). El culto a Asherá y otras expresiones religiosas cananeas practicadas durante el tiempo histórico que estamos analizando, fueron constantes y de eso hay constancia desde el Génesis (véase el pasaje del regreso de Jacob de casa de Laván hacia Eretz Kena'an).
4. El animismo entendido como una etapa temprana de las religiones posteriores y contemporáneas es posible que generalmente sea menospreciado, en especial por aquellos que no intentan comprender un poco ciertos aspectos del desarrollo social. Sin embargo, reconozco que el animismo es realmente un conjunto de elementos mágico religiosos más profundo y complejo de lo que generalmente se suele pensar.
No puedo determinar si el pasado o el presente son mejores o peores o iguales. Sin embargo, debo reconocer que tiendo a darle valor a los grandes avances que como seres humanos hemos logrado y que han mejorado muchísimo nuestra existencia.
5. Me agrada el desarrollo del filósofo francés Simondon sobre el devenir del mundo y cómo este se da en la medida en que se crean tensiones entre las distintas partes que interaccionan para ir dando forma al mundo. El judaísmo no es ajeno a ese proceso, y de hecho es algo que en general los judíos amamos.
6. La referencia que hace sólo es un "midrásh" jasídico que intenta dar un visión sobre el valor del estudio constante de la Torá, entre otros aspectos. Sin embargo, no intenta describir una creencia efectiva de que eso es así. La mayoría de los judíos no nos identificamos con esta corriente de pensamiento judío, aunque es parte de nuestra riqueza cultural y social.
Respecto a lo de recibir la Torá desde Moshé, es algo que tiene sentido desde el texto, sin embargo los judíos en general somos conscientes de que gran parte del texto esta construido desde una perspectiva mítica.
Yo respeto que digas que la idea de judaísmo que tienes no está influenciada por el judaísmo rabínico moderno, pero me permito dudarlo (no porque intente decirle que usted miente, lo cual de antemano no es así), pues en general las fuentes que tenemos de esa época están desarrolladas por el judaísmo rabínico como un continuo y porque las mejores formas de aproximarse a conocer parte de ese pensamiento religioso de la época entre templos nos viene de la tradición rabínica. Sin embargo, puedo equivocarme.