Estimado, para poder resolver este conflicto que tienes, es importante en primer lugar comprender el significado y la definición de ese acto. Según el diccionario de la RAE "Creer es tener algo por cierto sin conocerlo de manera directa o sin que esté comprobado o demostrado. Por ejemplo: El catecismo y el evangelio enseñan lo que hay que creer". Mirado desde esa perspectiva de la definición, nos permite entender que "Creer" es un acto de Fe implicita. Esto significa que si bien podemos encontrar razones desde la lógica filosófica o desde la lógica de la investigación científica, tanto para creer, así como para no Creer. Mirado desde ese punto de vista, siempre tendremos la posibilidad y nunca será posible resolver la cuestión con certezas absolutas e incuestionables. El camino del conocimiento, siempre nos llevará por intrincados laberintos, en los cuales si nuestra mente no está preparada, puede conducirnos a conclusiones equivocadas. Los aportes a la teoría del conocimiento realizados por Descartes, Hume, Popper, Kuhn, etc. nos han permitido comprender muchos aspectos acerca del conocimiento, como conocemos y que es susceptible de ser conocido, desde un marco de referencia limitado como es el de nuestras percepciones. Si analizamos el tema desde la perspectiva que nos plantea la epistemología de las Ciencias de Karl Popper, podemos concluir que no es objetivo de las Ciencias, demostrar la existencia o la No existencia de fenómenos sobrenaturales, esto porque la lógica de la investigación cientifica funciona bajo la metodología de lo que Popper llamó "Falsaciones", esto es que nunca es posible demostrar en forma definitiva que una teoría es cierta, sino que solo podemos hacer corroboraciones y darle mayor sustento a ella o hacer falsaciones (refutaciones) que permitirán corregir la hipótesis de base o formular una nueva si es necesario (Ver "Popper, Karl - Conjeturas y Refutaciones", "Kuhn, Thomas - La Estructura de las Revoluciones Científicas"). Al respecto, la metodología Popperiana de las Ciencias, permite comprender que las hipótesis de existencia o No existencia de entidades sobrenaturales, no pueden ser demostradas o no demostradas por ella. Otros filósofos de la Ciencia van aún más allá como Paul Feyerabend y Imre Lakatos, que plantean que "No existe" un método o que no es el camino que siguen la metodología de las Ciencia la búsqueda de falsabilidad, sino por el contrario, intentos de permanentes corroboraciones. Comprendiendo esto, nos permite entender que el conocimiento que permite esta epistemología tiene alcances y limitaciones. Abre así la puerta a la participación de otras categorías del conocimiento como la Filosofía, la Psicología, la Religión, etc.
Teniendo lo anterior en mente, nos hace comprender que si elegimos esta lógica como camino, no arribaremos a una forma de conocimiento distinto al que nos proveen las Ciencias y en esto la Ciencia tiene limitaciones y no nos permitirá arribar a respuestas definitivas, porque solo es capaz de responder a las preguntas que toman la siguiente forma "¿Como?", "¿Qué?", "¿Quien(es)?", "¿Cuando?", pero no es capaz de responder a las preguntas por el sentido que toman las siguientes formas "¿Porqué?", "¿Por qué?", "¿Para qué?", etc. como ejemplo de ellas ¿Porqué existe un Universo?, ¿Porqué existe algo en vez de No existir nada?, ¿Porqué existe el dolor y el sufrimiento?. Bajo esa s perspectivas logramos definir que la Ciencia y su epistemología pueden estudiar los fenómenos naturales para comprender sus mecanismos y su funcionamiento, pero nada puede decir acerca de la existencia o no existencia de lo sobrenatural y sus fenómenos. Esto no quiere decir que porque esta epistemología no pueda dar respuestas a otras formas de conocer, hace que automaticamente estas no existan. Si evaluamos la realidad desde una perspectiva material y solo consideramos 3 dimensiones o una cuarta cuando consideramos el tiempo, estamos dejando de lado la multidimensionalidad que es aceptada en la actualidad, aunque no sean comprensibles los fenómenos que se desenvuelven en otras dimensiones físicas.
Respecto a los argumento históricos de la Biblia, está claro hoy que la escuela histórico-crítica no aporta con elementos que permitan aceptar que la historicidad de la Biblia, es necesariamente y exactamente como ella lo dice. El propósito de la Biblia no es demostrar con extrema rigurosidad, la exactitud de los hechos relatados, aunque a través de la investigación arqueológica ha sido posible presentar evidencias indirectas que muchos de los hechos en ella relatados, efectivamente ocurrieron. Como lo señalan Flori y Rasolofomasoandro, en su libro "Orígenes una Desmitificación", que el objetivo de la Biblia no es informarnos en forma rigurosa, exacta y detallada acerca de lo que relata, sino que el objetivo de ella, es formarnos acerca de la forma de acercarnos a Dios y llegar a conocerlo, comprender lo que espera y lo que no espera de nosotros, comprender el camino para relacionarnos con él y con nuestro prójimo, así como con la naturaleza..
Hay eventos y hechos relatados por la biblia, que nunca encontrarás formas de explicarlos, siguiendo la lógica del pensamiento hipotético deductivo, o del positivismo, porque "los milagros" que allí se relatan, no son susceptibles de ser estudiados, ni demostrados por esta metodología, pero esto no significa que niegue la posibilidad de que estos hayan ocurrido.
Blaise Pascal en su obra "Pensamientos", concluye que "El corazón tiene razones, que la razón no entiende", por tanto el nos invita a escuchar las razones del corazón. El connotado Astrónomo Carl Sagan, en su obra "Cosmos" nos dice "...Que en este mar de confusión, por lo menos hayamos de encontrar una brizna de verdad", luego el poeta Amado Nervo nos afirma que "...El alma es un vaso que solo se llena con eternidad".
En forma anónima alguien escribió lo siguiente, que es muy bueno tener en cuenta cuando reflexionamos respecto a la posibilidad de Creer o No Creer:
"Si nadie sabe
Ni porque reímos
Ni Porqué lloramos
Si nadie sabe
Ni porqué vivimos
Ni porqué nos Vamos
Si en un mar de tinieblas
Nos movemos
Si todo es noche
en derredor y arcano
A lo menos, ¡Amemos!
Quizás no sea en vano"
Ojalá que las reflexiones que te comparto, contribuyan con algunos elementos a que te reencuentres con la Fe y el Creer que buscas.