Dios tenía a su Adán, primero él y luego sus descendientes pecaron y se alejaron, Dios se quedó con Noé y efectuó el gran genocidio, aniquiló a la humanidad, pero los descendientes de Noé volvieron a ser malos, Dios escogió a Abraham, y quiso Dios hacer pacto con Abraham, y ese pacto es que Dios tendría un pueblo no mancillado ni en manos de satanás, a Dios le interesaba preservar al hombre libre del pecado y la muerte.
Como bien sabes llegó el punto en que la palabra dice: por cuanto todos pecaron fueron destituidos de la gloria de Dios, y he aquí que ya tuvo que entregar a su Hijo para volver a tener un remanente que no estuviera entregado al pecado y en servidumbre a satanás.
Desde el principio de los tiempos hemos visto que solo se trata de eso, Dios hizo una maravillosa creación, el hombre a su imagen y semejanza, ya en un principio Dios creó a Luzbel, y en este fue engendrado el pecado, de este nació, Dios desechó a Luzbel, y en contrapunto creó a un hombre con libre albedrío que le sirviera por su propia voluntad, y desde ese momento vemos que Dios se comprometió en preservar a ese hombre adorador hasta el punto de sacrificar a su Hijo y abrir por ese sacrificio que Dios abriera su mano a más escogidos, y les instó a fueran adoradores en espíritu y en verdad.
Todo esto que te relato viene a decir que Dios está dispuesto a muchas cosas con tal de preservar a su pueblo, de eso iba el que mandase arrasar a las ciudades de Canaan, pueblos vendidos al pecado y a satanás.
Carnalmente puede crear sentimientos contradictorios, pero Dios en su sabiduría preserva a su pueblo, y les da instrucciones para que no deje de serlo, por lo cual entre esas directrices está el mandato de no matarás, y Dios está dispuesto a matar y a morir(literalmente) para que el pueblo sea conforma a sus deseo.